有机联系原则：档案之间存在着各种内在的有机联系，包括时间联系、内容联系、来源联系等。在整理档案时，要充分考虑和保持这些联系。比如，按照年度顺序整理档案，可以体现档案形成的时间脉络；将同一问题、同一项目或同一事件相关的档案集中在一起，则体现了内容上的联系。通过保持档案的有机联系，能够更好地展现档案所反映的历史事实和活动过程，提案的利用价值。
按时间顺序整理
年度分类法：将档案按其形成的年度进行分类，能清晰展现档案形成的时间脉络，体现不同年度工作的连续性和发展变化。例如，一个企业每年都会产生财务报表、工作总结、业务合同等档案，按年度分类后，可直观了解企业在不同年份的经营状况和业务发展情况。
阶段分类法：对于一些大型项目或长期工作，可以根据其进展阶段来整理档案。比如，一个建设项目可分为规划设计、施工建设、竣工验收等阶段，将各阶段相关的文件、图纸、报告等分别整理在一起，能完整呈现项目的全过程。
参考相关标准和规范
国家标准和行业标准：许多行业和领域都有关于档案分类的国家标准或行业规范，这些标准提供了通用的分类框架和主题词表，可以作为确定主题和分类标准的重要参考。例如，《企业档案工作规范》《机关档案工作条例》等对不同类型档案的分类都有相应的规定。
专业分类体系：对于一些特定的专业领域，如医学、法学、历史学等，有专门的分类体系和主题词表。在整理相关专业档案时，可以借鉴这些专业分类体系，使档案的分类更加科学、准确，便于专业人员的利用和研究。
保持一致性和灵活性
一致性：在整个档案整理过程中，要保持主题和分类标准的一致性，避免出现同一类档案在不同部分采用不同分类标准的情况。这有助于建立统一的档案管理体系，方便档案的管理和利用。
灵活性：虽然要保持一致性，但也不能过于僵化，要根据档案的实际情况和特殊需求，适当调整和灵活运用分类标准。对于一些难以准确归类的档案，可以设置 “其他” 类别作为兜底，但要尽量减少此类情况的出现，确保分类体系的科学性和合理性。