医院挂号窗口只挂当天医生给加的号，号源为各种途径预约所剩号源(预约挂号包括：114电话预约、银行网点及网银、医院自助机)，所以希望很少，对于外地人多吃住都是钱，提前在家挂，然后再坐车去。窗口挂号时间6：30—16:30，窗口挂号与自助区挂号共用剩余当日号源，先挂先得。窗口挂号需凭患者本人的北京医院医院“就诊卡”，北京市医保患者首次就诊需凭“社保卡”关联“就诊卡”。
社保卡前务必将以前的门诊医疗费送区医保经办机构写入社保卡，以辟免起付线的重新收取。
挂完号后请持社保卡和《病历手册》到相关诊室就诊，就诊时主动向大夫出示《病历手册》，再由大夫开具电子和处置单。如果未主动出示《病历手册》等个人原因所造成的后果，将由个人承担。
患者就诊前按时间顺序整理好以前的病历及各项检查报告，片子等。有一个明了的按时间顺序的清单，便于大夫清楚查看(因为北京儿童医院患儿实在太多，每个大夫门诊量都很大，如果能节省时间，大夫会在检查上更细致，了解以往病情也会更，清楚。想办法在很有限的时间里与大夫进行有效的沟通非常重要。来看病时一定要带好家长身份证，患儿病历。
经常看到外地患儿来北京儿童医院就诊时在医院徘徊多日搞不明白怎么在这家医院看病，在咨询台问询也得不到清楚的指引，问了几次就不敢再问了，提醒大家不要怕人家烦，一定要多问，问清楚，千万不要因为这个耽误了孩子的病情，也会节省一定的费用。如果在就诊时遇到不公正的待遇或困难建议去医院专门设立的投诉中心求助，投诉中心在医院咨询台，有专人负责帮助病人协调遇到的问题。