高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营年限)的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品(服务)收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。

不论企业以前年度财务报表是否委托注册会计师进行审计，还是专项审计与年度财务报表审计是否为同一家会计师事务所承接，专项审计都可以按照《专项审计指引》独立实施审计程序。如果结合以前年度财务报表审计，确定的重要性水平应当低于相应财务报表审计的重要性水平，确定审计范围时应当考虑拟利用以前年度财务报表审计工作中获取的审计证据的程度。需要注意的是，应当结合具体环境考虑重要性的性质和数量两方面的因素。

要求针对研究开发项目和高新技术产品(服务)了解申报企业及其环境，比如，了解申报企业产品(服务)的技术变化，了解申报企业研究开发部门的设置和分布，以及是否存在专门的机构和人员从事研究开发活动，了解申报企业为从事研究开发活动而进行的固定资产投入以及为这些投入而使用的资金的来源，了解申报企业是否确立了创建科技创新型企业的发展战略，了解申报企业是否将高新技术产品(服务)收入作为主要的业绩考核指标。

基于申请高新技术企业认定的目的，申报企业通常将近三个会计年度研究开发费用结构明细表和近一年高新技术产品(服务)收入明细表的专项审计同时委托给一家会计师事务所，《专项审计指引》要求，针对研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表分别出具专项审计报告。